insitupy.InSituData
===================

.. currentmodule:: insitupy

.. autoclass:: InSituData

   
   .. automethod:: __init__

   
   .. rubric:: Methods

   .. autosummary::
   
      ~InSituData.__init__
      ~InSituData.add_alt
      ~InSituData.add_baysor
      ~InSituData.assign_annotations
      ~InSituData.assign_geometries
      ~InSituData.assign_regions
      ~InSituData.copy
      ~InSituData.crop
      ~InSituData.get_loaded_modalities
      ~InSituData.get_modality
      ~InSituData.import_annotations
      ~InSituData.import_regions
      ~InSituData.list_quicksaves
      ~InSituData.load_all
      ~InSituData.load_annotations
      ~InSituData.load_cells
      ~InSituData.load_images
      ~InSituData.load_quicksave
      ~InSituData.load_regions
      ~InSituData.load_transcripts
      ~InSituData.normalize_and_transform
      ~InSituData.plot_dimred
      ~InSituData.plot_expr_along_obs_val
      ~InSituData.quicksave
      ~InSituData.read
      ~InSituData.read_all
      ~InSituData.read_annotations
      ~InSituData.read_cells
      ~InSituData.read_images
      ~InSituData.read_regions
      ~InSituData.read_transcripts
      ~InSituData.reduce_dimensions
      ~InSituData.reload
      ~InSituData.remove_history
      ~InSituData.remove_modality
      ~InSituData.save
      ~InSituData.save_colorlegends
      ~InSituData.save_current_colorlegend
      ~InSituData.saveas
      ~InSituData.show
      ~InSituData.store_geometries
   
   

   
   
   .. rubric:: Attributes

   .. autosummary::
   
      ~InSituData.annotations
      ~InSituData.cells
      ~InSituData.from_insitudata
      ~InSituData.images
      ~InSituData.metadata
      ~InSituData.path
      ~InSituData.regions
      ~InSituData.sample_id
      ~InSituData.slide_id
      ~InSituData.transcripts
      ~InSituData.viewer